目前反科学主义者所提出的所谓科学知识的负面影响，实际存在着如下几种情况：
第一，是对科学知识的不适当应用。例如办工业而不治理污染，特别在我国目前的条件下，一些小工业对环境的污染；某些大国拒不签订国际环保条约等等。
第二，由于国家、民族或者其他利益集团的利益对抗，把科学知识，甚至最先进的科学知识用于制造杀人武器，制造大规模杀人武器。
第三，那些没有条件制造杀人武器的利益集团，则使用非杀人武器进行杀人的恐怖活动。如用民航飞机撞击大楼等。
这三项所谓由科学知识造成的对人类的危害，都是由于对科学知识的不恰当应用。其原因在于人类社会存在着利益对抗的集团，而不在科学知识。要消除这一类危害，必须消除利益对抗。特别是要消除强国对弱国、强势集团对弱势集团的压榨和盘剥。而消除压榨和盘剥，消除利益对抗，是人文领域要解决的问题。解决了这些问题之后，不是遏制科学的发展，而是使科学知识更好地为人类服务。
第四，由于无知所造成的危害。比如工业发展初期所造成的严重污染，在一定程度上，是对工业后果的无知。现在这种情况仍然存在着。有些项目人类还不能或不能确切知道它的后果，如转基因食品，如克隆人。有些项目的后果即使知道，现在仍然无力克服，而必须忍受它的不良后果。如农业垦殖、养殖，兴修水利，开发地下水源等等。
人类这些活动，都有可能破坏生态和植被，但人类目前还无法放弃这些活动，或者说，至少还不能完全停止这些活动。
这项所谓由科学知识给人类带来的危害，更正确地说，是由于科学知识的不发展，由于人类的无知。解决这一类问题，只能靠科学技术的进一步发展。也就是说，这项所谓由科学给人类造成的危害，其真实情况是由于人类缺乏科学知识所造成的危害。
第五，知识产品在为人类服务的同时，也会带来不可避免的危害。比如交通事故，空难，城市噪音，城市空气质量不佳，触电以及由于用电造成的火灾等等。
对于这一类问题，人类自己在实践中将做出选择。权衡利害，决定是用它还是不用。人类可以不断改善这些知识产品带来的不良后果，但永远都不能消除它的另一面后果。
其实，这类事情，人类可说很早就知道它们的负面影响。比如火灾给人类带来的危害，人类并非不知道。但人类至今还是要用火。世界上每年死于交通事故的，绝对大于一个大战役。也就是说，每年由交通事故给人类带来的危害，等于人类每年要打一次大仗。但是，汽车工业仍然处盛不衰。因为人们清楚，这是人类在为自己创造幸福的同时所必须付出的代价。
人类继用火之后的另一项重大发明，就是畜力的使用。使用畜力显然极大地提高了人类的生产力，给人类解决了许多负重致远的问题。同时，人类也为畜力的使用付出了代价。饲养牲畜不仅要花费劳动和物资，而且牲畜的粪便会带来环境污染，牲畜在兽性发作时还可能伤害人类。所以中国古人有言道：“又要马儿跑，又要马儿不吃草。”蒸汽机、内燃机的出现，使人类有了这样的“马儿”。然而此时的人类又有了更高的要求。他又要求这样的“马儿”不要产生废气，不要大声“叫喊”，更不要给人类造成生命的损失。那么，当人类有一天果然可以使这样的“马儿”无废气，无声响，也不会伤人的时候，人类是否就满足了呢？答案应该说是肯定的：不会。
回顾人类发展的历史，每当人类的知识登上新的台阶的时候，他回顾以往的知识成就，又可能对以往提出新的责难。或者是新的一代，在新的高度上又会提出新的责难。在这种时候，我们只能说，年轻人，往前走吧，去创造更加美好的未来。
现在是人皆知的污染等等，就是由于科学知识的新发展所发现，并且由科学知识的新发展所要求治理的。把由科学知识的新发展所发现的人类生存环境问题，说成是科学知识的危害，是一种逻辑错误。正是由于这样一种逻辑错误，所以反科学主义的人士们才一面指责着科学知识给人类的危害，一面又高喊“把科学传播进行到底”。
反科学主义者们的错误，一面是不适当地吹捧所谓“人文”，把那些本是“人文”的责任推给科学；一面不适当地把由于科学不发展状况所造成的后果，说成是科学的后果。