在社会生活中，共产党是执政党，在国家政治生活中享有至高无上的、不容挑战的政治地位，但党的纪律明确规定共产党员不能信教；党所领导的军队不接纳有宗教信仰的人入伍，即使偶有个别宗教徒进入军队，其宗教信仰在服役期间也不敢公开，即使公开了，其宗教需求也不会被考虑；国家机关与政府部门、公安、检察、司法机关、大型国有企业、事业单位在招聘员工时，对员工的政治面貌也十分看重，被招聘者如果公开声称自己是宗教信徒，不
仅没有政治优势，而且会严重影响自己的录用。此外，广播、电视、报纸等大众媒体从来没有对宗教信徒特别是基督教徒在社会中的积极作用进行正面报道。相反，媒体在谈到宗教时，总是将其作为某种特殊的、负面的因素，不厌其烦地号召各级政府要“引导”宗教与社会主义社会“相适应”[15]；在提及基督教时，总是不忘强调“抵制渗透”，要求教徒“守法”。年复一年，整个社会对宗教、对基督教的歧视与偏见未见任何理性的反思，即使基督教要做好事，要开展慈善活动，也不被允许公开报道，无法取得在社会公共领域活动的合法“名份”[16]。
在社会总体上对宗教特别是基督教予以排斥、否定的大环境下，一个被调查者面对政府的调查，要在必须向政府调查人员提供个人真实姓名和联系方式的前提下，公开声称自己是基督教徒，并回答关于宗教信仰的提问，实非易事。考虑到真名实姓回答问题的结果对参军、入党、提干、在单位工作的人际环境及个人或家庭的社会评价可能带来的负面影响，被调查者不要说是未被政府认可的基督教家庭教会的成员，即使是那些受到政府认可的三自教会的信徒，出于对自身安全与未来发展的考虑，有多少人可以毫无顾虑地向政府公开承认自己的基督教信仰？在中国社会没有对宗教或基督教的政治敏感性“脱敏”之前，政府以“实名制”的方式公开进行的以了解公民个人是否信仰基督教为目的的调查，其结论有多大的可信度，实在值得怀疑。毕竟，大多数人是要吃饭、要工作的，明知党和政府对基督教是什么态度，还要向政府公开坦露自己是基督教信仰者，这会成为一般人的正常选择吗？一个坚持无神论为主导的政府对公民个人宗教信仰问题实行“实名制”调查，后果如何，一般人难道会不予考虑吗？中国的户籍登记本上早就有“宗教信仰”一栏，如果大家无所顾忌如实登记，还需要再搞专门的基督教人数调查吗？从某种意义上说，这不是在调查，是逼着老百姓在敏感的信仰问题上坦白，是用宗教调查的方式，测试老百姓对党的意识形态的忠诚度。这样调查得到的数据，在微观上绝对“可靠”，在宏观上却极不可信，其目的如果不是自欺，就是在明显地“欺人”。
显然，由政府工作人员入户以“实名制”的方式调查公民个人对基督教的态度，不可能得到被调查者的真诚配合。这是此次调查的一个明显的“硬伤”。
3．调查操作的技术因素
除了调查者与被调查者的利益考虑之外，调查方法本身也对调查结果的可信度有着直接的影响。要调查全国基督教徒的人数，在调查方法上，最可靠的方法是对全国的人口按人口普查的标准实施宗教信仰问题的调查，但这样做耗时耗力、成本极高，不现实。因此，此次调查，国家宗教局和社科院宗教所采用了随机抽样调查的方法。但抽样调查有一个宗教人口的分布不均的问题。中国基督教徒的传播与分布不同于人口中其他因素（如性别、年龄、出生率、教育程度等），不是一种常态分布。例如，河南、江苏、山东、安徽、浙江等地的基督教徒比例，要比其他地区高的多。如果实行随机抽样，抽样太多会导致成本过高无法实施，抽样太少又会产生严重的地区误差，无法克服基督教分布不均的问题。此次调查根据45000
个样本，就推算出基督教在全国13亿总人口中的比例与具体人数，计算依据何在，误差率是多少，《2010年宗教蓝皮书》没有详细的说明。
其次，在问卷设计上，以实名制的方式直截了当的提问被调查者的宗教信仰，是否会因为可能给被调查者造成顾虑而降低数据的可靠性？如果问卷中的提问是间接地、隐晦的，不会让被调查者产生顾虑，又如何保证被调查者能够正确理解问题而不会误解问题？无论采取哪种方式，都会因被调查者的顾虑或误解产生误差，这种因心理或理解因素造成的误差能否测量，几率多少，如何避免、如何计算，未见《2010年宗教蓝皮书》有令人信服的说明。
再次，在调查的实际运作上，设计方案的是社科院宗教所和国家宗教局，实施方案的是国家统计局，方案设计者不懂统计，方案实施者不懂宗教，同时，国家宗教局又是与宗教事务有着直接利害关系的利益攸关者。在经费上，政府职能部门出钱委托某个机构“打工”，这个机构就必须接受政府职能部门的指导，体现政府职能部门的意志，维护该部门的利益。宗教局、宗教所、国统局三家都是受国家财政支持的国家机关或国家全额拨款的中央事业单位，三家在经济上的来源是一致的。如果没有与宗教问题无利害关系、与政府、宗教团体均无联系的第三方的介入与监督，如何保证调查方案设计者、实施者的工作质量？如何保证调查过程与调查结果的客观、公正？如何避免因自己调查自己主管领域内的问题而产生的弊端，《2010年宗教蓝皮书》也没有说明。
调查者也许考虑到了调查结果在公众面前的可信度问题，于是《2010年宗教蓝皮书》在调查报告中，就其实施方案详细地进行了说明，试图给读者一个印象，此次调查是非常“科学”的。
然而，一项有关基督教人数的调查，如果不考虑调查者与被调查者双方因素的影响，仅根据其方案设计“科学”，实施方法“科学”，计算论证“科学”，就认为其结论必然也是“科学”的，这种逻辑其实恰恰很不科学。因为影响调查结论可信度的大前提（调查客观性的保证）如果存在问题，后面的工作无论多么“科学”，也没有意义，现实中并不缺少这样的例子。
1958年，钱学森依据光照与植物光合作用的关系，在报刊上撰文对“亩产万斤粮”[17]的可能性做了十分肯定的论证。以至于毛泽东后来说，他正是看了钱学森的文章，才相信了“亩产万斤粮”的可能性。钱学森是一个伟大的科学家，从物理学光学理论上看，钱的论证非常“科学”，甚至相当“保守”，但其结论却严重违背事实，不符合农民的常识。历史证明，钱学森对“亩产万斤粮”的论证不过是为极端弄虚作假之人的政治目的服务的“科学”依据，是一个天大的“科学”笑柄。