过去20多年中，在纠正“文化大革命”左的错误倾向时，忽视了对广大群众进行科学世界观、人生观、价值观的教育；强调了保障公民有信仰宗教的自由，却在一定程度上忽视了保障公民有不信仰宗教的自由。在一段时间里，在一些地区出现了事实上的“宗教热”。在宗教领域里出现了不少非法违法活动，出现了不少非法宗教活动点，出现了新建、滥建宗教活动场所甚至并非用于宗教活动的庙宇、露天大佛；一些不法分子利用宗教借机大搞非法违法活动，组建非法组织，如“呼喊派”、“被立王”、“主神教”、“全范围教会”、“门徒会”、“新约教会”、“观音法门”等非法组织；西方某些势力也借中国改革开放、落实宗教信仰自由政策的机会，采取各种形式利用宗教企图对我国进行“西化”、“分化”，干涉中国内政。
与此同时，各种迷信愚昧活动也在“宗教信仰自由”的名义之下泛滥。一些人摘取传统文化中的某些糟粕，大量编撰出版看相、算命、卜卦、看风水一类的图书，开办“培训班”，培训“算命”先生，设立“咨询服务”一类的“算命”企业，诈骗钱财，坑害群众。这一时期，中国传统的健身气功也被神秘化、宗教化。一些“气功大师”，既利用了人们渴望健康长寿的愿望，利用了某些人对未知领域的无知和迷惘，也利用了宗教信仰自由的宽松环境，在各种幌子之下，宣扬超自然力，宣扬新有神论，神化“气功大师”，大搞“造人神”活动，组建邪教组织。李洪志的“法轮功”就是这类新有神论和邪教组织的典型。
与此形成鲜明对照的是，科学唯物论、无神论宣传教育软弱无力，宗教信仰自由这一重要方面被掩盖，被忽视。一些人甚至认为，宣传科学唯物论、无神论就是在坚持极“左”错误，“违背”宗教信仰自由政策。
如何正确认识宗教和宗教信仰自由，是全面正确地贯彻执行宗教信仰自由政策的一个重要问题。
宗教信仰自由的口号和原则首先是欧洲资产阶级提出来的，是资产阶级在反封建斗争中要求自由、民主、平等在宗教问题上的反映。在社会主义条件下，宗教信仰自由的实质仍然是实现宗教与国家政权的分离，使宗教信仰问题成为公民个人自由选择的问题，成为公民个人的私事。就是说，国家政权既不能运用行政的办法强制人们不信教，用行政的办法禁止和消灭宗教，也不能运用行政的办法宣扬、支持和发展宗教。同时，宗教不得干预国家行政、干预司法、干预学校教育和社会公共教育，不得利用宗教反对共产党的领导和社会主义制度、破坏国家统一和国内各民族之间的团结，不得利用宗教危害社会、煽动颠覆人民民主专政的国家政权。
公民在行使宗教信仰自由权利时，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。中华人民共和国《宪法》第五十一条规定：“中华人民共和国公民在行使自由和权利的时候，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。”《宪法》第三十六条还规定：“任何人不得利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民身体健康、妨碍国家教育制度的活动。”公民行使宗教信仰自由和权利必须遵守宪法的这些规定。1981年11月16日联合国大会通过的《消除基于宗教或信仰原因的一切形式的不容忍和歧视宣言》规定：“有表明自己选择宗教或信仰的自由，其所受限制只能在法律所规定以及为了保障公共安全、秩序、卫生、或道德、或他人的基本权利和自由所必需的范围之内。”1966年12月16日联合国大会通过的《公民权利和政治权利国际公约》还规定：“任何鼓吹民族、种族或宗教仇恨的主张，均构成煽动、歧视、敌视或强暴者，应依法加以制止。”应当在全社会大力宣传这些规定，让人们正确认识行使宗教信仰自由权利时必须遵守的基本原则和条件。
宗教信仰自由的内容是：每个公民既有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由；有信仰这种宗教的自由，也有信仰那种宗教的自由；在同一宗教里面，有信仰这个教派的自由，也有信仰那个教派的自由；有过去不信教而现在信教的自由，也有过去信教而现在不信教的自由。在社会主义条件下，信教群众与不信教群众在思想信仰上的差异是次要的，在政治上、经济上的根本利益是一致的。建设有中国特色社会主义，振兴中华，完成祖国统一大业，是全国各族人民的共同目标和共同利益所在。因此必须坚持“政治上团结合作，信仰上相互尊重”的原则。无神论者要尊重宗教界的思想信仰，而宗教界也要尊重无神论者对于马克思主义宗教理论以及无神论的研究和宣传活动；无神论者不到宗教活动场所宣传无神论、不在信教群众中挑起有神与无神的辩论，但是，宗教教职人员也不应在宗教活动场所以外宣传有神论、干预科学唯物论、无神论的宣传教育活动。中共中央在《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》中早就明确指出：“用马克思主义立场、观点、方法对宗教问题进行科学研究，是党的理论工作的一个重要组成部分。用马克思主义哲学批判唯心论（包括有神论），向人民群众特别是广大青少年进行辩证唯物论和历史唯物论的科学世界观（包括无神论）的教育，加强有关自然现象、社会进化和人的生老病死、吉凶祸福的科学文化知识的宣传，是党在宣传战线上的重要任务之一。”然而20年来，党和国家的这些方针政策并未得到有效的贯彻执行。2001年12月10日，江泽民同志在全国宗教工作会议上的讲话中再次强调指出：“实行宗教信仰自由政策，尊重信教群众的信仰，但这并不是说就可以放弃对他们的思想政治工作，放弃在他们中开展思想道德建设和科学文化教育的工作。对信教和不信教的群众，都要进行爱国主义、集体主义、社会主义的教育，都要加强法制教育和公民道德建设，都要大力开展普及科学文化知识特别是现代科学知识的工作。要加强对人民群众特别是青少年的科学世界观包括无神论的宣传教育，不断提高全民族的思想道德素质和科学文化素质，努力使他们成为有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义建设者。尤其要努力把我国广大青少年教育和培养成为具有建设有中国特色社会主义坚定理想、掌握丰富科学文化知识的一代新人，坚决防止宗教观念以及各种有神论侵蚀他们的世界观，影响他们的人生观和价值观。这是关系我国未来发展的大事。各有关部门、各级党委和政府务必高度注意。”我们要认真落实江泽民同志的讲话精神，大力加强社会主义精神文明建设，把科学无神论的宣传真正作为“党在宣传战线上的重要任务之一”。