宗教信仰自由，现在多被理解成只是信教的自由，而不包括不信教的自由；有些人把宗教信仰自由当作一项基本人权，也按这种理解对他国宗教状况指手划脚，指导他们的社会活动。这弄得人们有些懵懵懂懂起来，好像不信一个甚麽教，真的是一种罪恶。但若认真一想，这种理解实在有背历史与逻辑。
从西方的历史看，宗教信仰自由的提出，首先是为了反抗中世纪黑暗的宗教统治，它与当时的自然神论、不可知论（怀疑论）、无神论以及人本主义等思潮一起，要求从严酷的宗教思想枷锁中解放出来，给科学、理性和教育独立以至政治民主、社会进步等开辟道路，也为每个人的健康和全面发展创造条件。因此，从本原上说，宗教信仰自由是争取摆脱宗教钳制的自由，它是西方资产阶级民主革命的原因之一，也是成果之一。
中国历来是多神主义和无神论共存的国家，宗教从来没有形成能与世俗政权相抗衡的社会实体，也没有建立过政教合一的国家体制，因而不存在像西方那样一神教的垄断和专横。信教与不信教，以及各种信仰之间，在活动空间上大体是均等的。像儒释道三教一类的争论，延续了一千七八百年，中间虽然互有消长，主流则是协调和谐，合一的趋势很明显，所以也不存在西方那种宗教仇视和宗教战争。
总而言之，在纯宗教信仰的领域，中国的历代政府和广大的民众都是宽容的，没有自由或不自由的问题。但是，如果超出纯宗教范围而从事别居用心的活动，或者某种宗教势力非常态地急剧膨涨，以致破坏了社会平衡或经济稳定，或危胁到了国家政权的安全，那就必然引起社会动荡和政治冲突，宗教问题随之而突出出来。例如历史上多次发生的毁佛限佛事件，禁止和取缔民间宗教秘密结社，以及自黄巾起义借助太平道，一直到太平天国运动借助拜上帝会，那数不清的以神异作号召，以宗教为纽带组织起来的种种农民武装暴动，无不带有浓厚的宗教信仰色彩。然而不论是从事社会历史还是文化宗教的研究者们，几乎没有谁会认为这类宗教问题与信仰自由问题有关。也就是说，中国的宗教问题是直接由社会经济和政治问题引发的，它与西方那种由信仰禁锢（思想禁锢的一种。中国的思想禁锢主要是文字狱）产生的宗教问题，有着根本性质的不同。
我认为这一区别很重要。这反映了中国人对待宗教问题上的一个基本态度；信教或不信教，信这种教或那种教，以及选择或唾弃甚麽教，主要是从个人家族的或国家社会的利害关系上着眼，有明显的功利主义和实用主义色彩。假若不了解中国宗教信仰上的这一特点，就很难把握中国宗教问题的真正根源。
从上个世纪末的戊戌变法失败以後，中国知识界产生了两种完全相反的主张：一种是提倡宗教信仰救国，所以康有为倡导组建孔教（儒家的宗教化），梁启超鼓动扶植佛教，而辜鸿铭、严复（晚年）等更把希望寄托在神拳或灵学上；一种是发动启蒙运动，把振兴中华的重任交给科学与民主，所以有陈独秀、胡适等“五四”人物的高举无神论大旗，有蔡元培等参加发动的“非宗教运动”，而“破除迷信”则始终是新文化运动的当然任务。这些不同主张，甚至发生过激烈的争辩，但论者无例外的，都是把民族兴亡作为立论的基本出发点，很少就宗教信仰论宗教；而西方关於宗教信仰自由的观念，也是在五四时期引进并在这一立论基础上加以解释的。
那结果是众所周知的：中国近现代史接受了“五四运动”的传统，宗教信仰自由的问题，被历史地放在了民族独立和社会解放的从属地位，爱国主义，以及与之密切相关的科学和民主，几乎成了国民全体公认的道德律，苟有与之相悖者。不论宗教信仰如何，都会受到反对。在认识上，无神论就成了科学与民主的天然规定。在这一点上，早期的中国国民党和中国共产党没有区别。
共和国成立，共产党成为执政党，无神论在前期思想文化领域占居统治地位。但宗教信仰作为思想观念问题，将会长期存在下去，绝对不能用行政的粗暴手段加以干涉，因而保护宗教信仰自由，有了特殊的重要意义，以至被郑重地列进了宪法，规定为公民的一项基本权利，不过在知识界理解中的宗教信仰自由，实际上还是新文化运动的继续和发展，因为多神主义和无神论共存的状况并没有根本的变化；全力改变贫困落後面貌，建设现代化国家，比任何事情都重要的头等大事，宗教信仰问题必须服从这个大局，而不许借以对抗。“文革”事实上废除了宪法，它给宗教信仰领域带来的灾难，与带给整个国家的灾难是同等性质，因而也随着拨乱反正和改革开放而得到了恢复和发展，总体是正常的，各方面都比较满意，这很不容易。
然而另一方面，同时而来的则是无序的膨胀，使早先被压制的某些宗教和传统迷信，走向了泛滥成灾的一端。迷信与宗教似乎成了一种社会性时髦，官僚层和文化层中都有不少趋之若鹜的知名人士，为之倡导和鼓吹，而无神论被目为“极左”，偶有涉及者，又往往当作“文革遗风”贬斥，竟至难以开口和为文。此等倾向在清算文革思潮时期，似乎还有充分的理由，但是当考虑到振兴中华究竟需要甚麽样的精神支柱，特别是在提出了科学技术是第一生产力，而科教兴国和依法治国倍受学人由衷支持以来，继续片面地解释宪法赋与宗教信仰自由的权利，反过来压制，甚至剥夺发表无神论言论的自由，那就是把历史拉向倒退，而不是推向前进。当前至少在三个问题上，已经相当混乱：
第一，关於把民族同宗教信仰视为一体的问题。人们习惯上将国内某些少数民族的传统宗教当作该民族的全民信仰，所以在一般统计上也把该族的人口当作该族的信教人数。这非常荒唐。假若根据此种认识作判断，定是非，甚或采取甚麽行动，那就更加荒唐。因为这既违背事实，也有悖常理。且不说把一种信仰强加给尚无选择能力的儿童是多麽的蛮横，即使在成年人中也是通不过的。据一位从事藏学研究的藏族青年自述，他仅仅因为不信仰喇嘛教，在他的家乡就被视为异类，他感到十分痛苦。
一些蒙古族知识分子认为本民族接受喇嘛教本身就是一种耻辱，内蒙古进行喇嘛教改造，主要是由他们支持和发动起来的。中国回民遍及全国各个省市，在内地和沿海的一些地区以及知识分子中，就不都是信仰回教的。
其实这很简单，人的民族成分是先天决定的自然属性，不可能自由选择；人的宗教信仰属於後天的观念和情感，可以完全凭个人的意愿自由决定，尽管有些宗教学者不愿意承认这一点。在当今民族主义和宗教热潮正在纠葛不清地成为各类重大事端的暴发点之际，将人为之事混为自然之事，无疑如火上浇油，实质上也否定了宗教仰自由本身：宗教信仰自由本应意味着宗教对立和宗教战争的消除，而不应该与之相反。
第二，关於宗教信仰自由高於社会道德和民主法治的问题。国内外流行一种舆论，似乎只有信教，即使迷信随便是个甚麽鬼神，或超自然物，或彼岸世界，都比无神论者的精神境界高超。有人认为，只有如此才能与“文革”划清界限，才符合改革开放精神；甚至提出，唯有信教才能维护道德风化和社会稳定，最好是把信教当作每个人的安身立命之地。当然，也少不了有把信教作为衡量“人权”的一般尺度，而完全无视不信教的权利的言行。这就造成一种社会氛围，促使很多地方和部门把修建宗教或迷信设施及其相应活动，当成开辟财源的方便之门；在某些官员心目中，认定只有维护宗教或迷信的利益才是维护社会安定团结的大局；至於学术研究领域，迷信和宗教一样，都成了不可触动的禁区，以致连宣传封建迷信的出版物也能够从街头书摊汹涌地流向豪华的书店，而想发表一点无神论的观点，真可以用“举步维艰”来形容，直至今年上半年，全国还没有一本传播科学无神论的刊物被允许出版。
由此导致一系列社会恶果，不但严重地扭曲了当代人实有的价值观和道德观的现状，而且纵容一些别居用心分子敢於假借宗教信仰自由的名义胡作非为，一直到滋众闹事。此中常见的现象，是因为研究者或媒体发表了与某个宗教派别或迷信团体的观念不甚相同或者利益有违的言论，大都属於学术讨论范围的问题，假若认为它们不可宽容，有关派别或团体完全有权进行反驳，与之论辩；如果认为该等言论已经触犯国家有关规定，那就应该诉诸法律，依法处理。这可以说是任何民主国家的常规，也是常识。但有些人好像没有这样的常识，不想依常规行事，所以动辄以游行示威，静坐围攻等“大民主”的方式，威胁政府，迫使当局作出符合其政治性要求的解决。最後的结果，此等“大民主”一般是得胜回朝，而作者和发表者总得受到相应的惩处。这样，就形成一种恶性循环，宗教信仰自由似乎成了一块圣地，即使是客观地如实叙事和陈述个人的学术意见也得处处避讳，至於设卡审查，这里就不提了。
当前中国正在努力从事民主法制建设，依法治国是最重要的步骤，在宗教信仰自由问题上发生的此等曲解和偏袒，是一种严重的干扰。这次“法轮功”闹事，对於当局来说，就是长期纵容某些迷信团体非法活动并使其无理要求屡屡得逞的後果，或者更准确些说，是某些长官进行袒护，违背法制原则的恶果之一。
第三，关於“人体科学”开创了“第二次文艺复兴运动”的“新世纪”问题。这里讲的“人体科学”是一个有明确界定的概念，据它的创建者介绍，这门“科学”由三个部分组成，那就是：以“中医理论”为理论基础，以开发和应用“人体特异功能”为根本目的，以“气功”为开发和应用手段，而它的核心是“特异”功能。
“人体科学”所谓的“特异功能”，是指人体具有的无限而又无所不能的超自然潜力，在西方一般分为两大类，即“超常感知”，“意念致动”，主要是从巫觋法术一类现象中概括出来的。西方知识界对它们的关注以及进行考察和研究，至今已不少於一百五十年，称为“心灵学”，近来又名“超心理学”。对此类现象，学界大体有肯定和否定两派，其馀或者存疑，或者不屑一顾。到本世纪九十年代，随着“新时代运动”和“新宗教运动”中的神秘主义高涨，普及率上升，在某类知识分子中也拥有不少信徒，尤以发达国家最为突出，但在严肃的学界和政界，则越来越没有市场。迄今为止，凡宣称有哪种超自然能力真实存在而又经得住真正科学检验和测试，一项也不能成立。中国的同类思潮是在辛亥革命以後引进的，译作“灵学”，由某类文人和官僚为骨干，应用当时最流行的扶乩和给鬼神照像术，支持遍及全国的会道门急剧发展，先後受到“五四”人物的批判和“北伐”的扫荡。因此，不论国外国内，所谓特异功能都不是甚麽新东西，更谈不上新发现。
然而自70年代末这个以“特异功能”新名目出现的旧思潮在国内再度泛起时，立即被一类号称“马克思主义”哲学的宣教者，科学技术名家和科技官员当作国家民族兴盛的希望，人类未来的必然走向，令人莫名其妙的抬举起来；紧随其後的几个文人，或称其为“新世纪”，或誉之作“新曙光”，鼓吹得越加使人混噩。由於中国的巫觋传统既久且深，儒士方士都自称能动天地，驱鬼神；土生土长的道教擅长神仙术，自外传入的佛教能修五神通，都具有玩弄大自然於股掌之上，创造“阴”“阳”两界於一念之中的绝大本领，“人体科学”即把此等见诸於古籍中的记载当作证实“特异功能”的“古实验报告”，“人体科学”也就成了宣传鬼神论最具权威的载体。
与此相应，一些野心十足的巫觋化了的气功师，或由巫觋转化来的气功师，一夜之间就变成了具有“特异功能”的“高功夫师”，被目为“奇人”、“超人”，尊为“大师”、“宗师”，身价陡然飙升，不但可以出入党政单位，深宅大院，而且能够高登科学殿堂，驻札高等学府。一些高官伏首甘称弟子，一些大学者奉之为“新世纪”的样板，也不乏膜拜其下的名人。作为个人的信仰问题，他人无权干涉，但在中国这块充塞着多神主义传统残馀的土壤上，只要挟那样的机关和那样的头衔，就足以振撼社会，更不用说还通过手中的权力了。因此，由此产生的社会效应是相当剧烈，也相当恶劣的。
首先，气功本是一种大众性健身活动，在一些医院和疗养院也当作一种辅助性治疗手段，社会各阶层都有人参加练习，影响面很广。由於“人体科学”强加给它以开发“特异功能”的全新职能，使它很快变成了制造鬼神和奇迹的最广最大的发源地，推动着愚昧迷信在全国范围的大普及。一些满腔野心而以“超人”“奇人”自诩的巫觋气功师，则趁机组织以其个人为唯一崇拜对象，以师徒的宗法关系为最高组织原则和道德法规的团体，把吹嘘自家神功最灵最神作为欺骗手段，争取社会名流和大众媒体的支持，实是过去会道门的变种，又类似现今海外的邪教，轻者止於骗财，或加上骗色，而诱发心理畸变，精神失常，导致家庭不和或破裂，以至致残致死等事件，几乎成了司空见惯的现象。至於内外勾结，广收门徒，聚集力量，纪律严酷，行动诡秘，特别着力於跨国宣教，时时准备应变，居心很难推测的巫觋气功组织，也绝不是“法轮功”一家。“法轮功”只是此等浊流的後起而又急於显示政治实力的一个。
复次，“人体科学”将“特异功能”的“发现”当作“第二次文艺复兴运动”的发端，矛头是直指近现代科学。它认为，既有的科学已经走上穷途末路，人类正面临一场新的“文化革命”，那就是彻底否定近现代科学以及科学藉以建立和发展起来的思维方式－－理性，逻辑。"人体科学"之所以选择中医理论纳入自己的体系，据说明，就在於中医没有受到西方科学的污染，全凭感觉和直觉。直觉是最高级的思维方式，特名“特异思维”，是发动“特异功能”的精神机制之所在，亦称“气功功能态”。因此，所谓“人体科学”本质上是反科学，反理性，反逻辑的伪科学，而反科学，反理性，反科学是西方自50年代就兴起的新思潮之一，也不新鲜。
但就是根据这种观念，“人体科学”却要求向学校系统推行气功，提倡在青少年中开发“特异功能”，以致严重地损害了孩子们的心身健康。同时又将其提升为教育理论，把开发智力与学习知识对立起来，造成思想混乱，直接影响了教育事业的正常发展。
可以说，“人体科学”是20多年来宗教无序，迷信猖獗的当之无愧的精神柱石。从巫觋“大师”们制造一件件轰动中外的伪科学丑闻，到法轮功拼凑其奉为圣经的《转法轮》，都布满了“人体科学”的痕迹，而且成为它们名符其实的保护伞。权力部门就“人体特异功能”（即“人体科学”）发过一个著名的“三不”指示（或文件？），在实施上，就是只许“人体科学”和由“人体科学”理论装备起来的气功宗派自由宣传，禁止反对者进行批判或与之争论，以致使许多欺骗世人的严重事件不得披露，令骗子继续像个正人君子一样行骗如故，使伪科学真像在开辟一个“新世纪”似的，照旧能在高文化层中招谣撞骗。仅就“法轮功”这次闹事来看，那个“三不”及其施行的权力部门对其屡屡视国法好欺的活动，一再庇护，对深受“法轮功”之害的当事人和他们的家属、师友的控诉，以及为之呐喊的正义之声，或者置若罔闻，或者加以压制和惩处，是非屈直颠倒到如此程度，评之者称其为昏聩，而依常理实在应该追究主管者的责任。
然而，中国的无神论传统也是根深蒂固的，即使在“三不”严苛的禁令下，那基础也没有动摇。可以说，在国内唯一能够与“人体科学”作根本理论上的斗争，而且不屈不挠，使“人体科学”的伪科学、真迷信的面目逐渐为更多人所识，科学无神论起了中流砥柱作用；在揭露巫觋神功的欺诈和罪恶方面，科学无神论是最勇敢的斗士；而宣传科学精神，支持科普事业，推动科教兴国战略的实施，破除封建迷信和蒙昧主义，则是科学无神论的日常使命。也由此可见，科学无神论并非向宗教宣战，只是要求对宗教信仰自由不作片面解释，如其本义那样容纳无神论的言论自由。从全面和历史的观点看，至少在中国，有神论者和无神论者在根本利益上是一致的，涉及国家命运，民族前途，社会进步等重大问题上有着本能的共同语言。无神论者理所当然要尊重宗教信仰者的自由选择和公民权利。